主要是指膜結合核糖體上合成的蛋白質， 通過信號肽，在翻譯的同時進入內質網， 然后經過各種加工和修飾，使不同去向的蛋白質帶上不同的標記， 最后經過高爾基體反面網絡進行分選，包裝到不同類型的小泡，并運送到目的地， 包括內質網、高爾基體、溶酶體、細胞質膜、細胞外和核膜等。 廣義的蛋白質分選也包括在游離核糖體上合成的蛋白質的定位。
蛋白質分選（protein sorting）：依靠蛋白質自身信號序列，從蛋白質起始合成部位轉運到其功能發揮部位的過程。蛋白質分選不僅保證了蛋白質的正確定位，也保證了蛋白質的生物學活性。