常規篩選蛋白質主要是在基因水平上進行，基因水平的篩選雖已被運用到任意的cDNA文庫，但這種文庫多以噬菌體為載體，：通過噬菌斑轉印技術（plaque life procedure）在一張膜上表達蛋白質。但由于許多蛋白質不是全長基因編碼，而且真核基因在細菌中往往不能產生正確折疊的蛋白質，況且噬菌斑轉移不能縮小到毫米范圍進行，所以這種方法的局限性，靠蛋白質芯片彌補。酶作為一種特殊的蛋白質，可以用蛋白質芯片來研究酶的底物、激活劑、抑制劑等。
蛋白質芯片為蛋白質功能研究提供了新的方法，合成的多肽及來源于細胞的蛋白質都可以用作制備蛋白質芯片的材料。Uetz將蛋白質芯片引入酵母雙雜交研究中，大大提高了篩選率。建立了含6O0O個酵母蛋白的轉化子，每個都具有開放性可閱讀框架（Open Reading Frame，0FR）的融合蛋白作為酵母雙雜交反應中的激活區，此蛋白質芯片檢測到192個酵母蛋白與此發生陽性反應。