蠟樣芽孢桿菌是引起食物中毒的常見細菌，在生長條件不好的情況下會產生一種被稱為“芽孢”的“外殼”，把自己保護起來，避免死亡。因此，蠟樣芽孢桿菌比其它細菌更耐熱，常常在加熱的條件下也不會死亡。蠟樣芽孢桿菌在生長繁殖的過程中會“放毒”，其中兩種毒素是引起食物中毒的主要原因。
食物中毒的臨床表現有兩種類型：嘔吐型和腹瀉型。引起嘔吐型食物中毒的主要食品是米飯及其制品(80%以上)，如：米飯、炒飯、稀飯、米糕、米粉皮、米線等；涼面、豆腐也可以引發。
腹瀉型食物中毒較少見，潛伏期較長，一般在進食后6-15小時發生，臨床表現主要是水樣腹瀉和腹痛，很少伴有嘔吐癥狀。大多數在腹瀉數次后癥狀逐漸減輕，1天左右好轉。嚴重者可引起電解質紊亂、出血性腹瀉。引起腹瀉型食物中毒的食品較復雜，糧食、肉類、乳類食品均可引發，其中盒飯類混合食品較多見，可能是在分裝的過程中污染所致。
吃了冷藏不當而變質的剩飯是造成嘔吐病癥的最主要的原因。食用變質食物后1–5小時就會引起惡心、嘔吐。這種病癥與其他的變質引起的短期病癥（如金黃色葡萄球菌所造成的）較難辨別。
以前人們認為有毒物質產生效果的時間與以上兩種類型有關，但事實上嘔吐綜合癥是因一種只在引起嘔吐的類型中發現的名為cereulide的毒素造成的，并且該產物不是蠟樣芽胞桿菌的標準產物之一。Cereulide是一種由非核糖調控縮氨酸綜合(NRPS)產生的即使在菌體內也是不常見的dodecadepsipeptide。兩個科研小組獨立發現這種轉錄是發生在pCERE01或是pBCE4810質體上。有趣的是，該種質體與有毒的pXO1質體主要構成相同，pXO1是炭疽桿菌中編碼毒素的基因，但卻處在不同的致病島上。蠟樣芽胞桿菌的牙周分離同樣具有不常見的類pXO1質體。