1、肺腎綜合征可引起肺腎綜合征的疾病除了肺出血-腎炎綜合征之外還有多種，如ANCA相關性系統性血管炎、SLE及感染引起的腎炎。此外，腎靜脈血栓所致的肺栓塞、終末期腎衰所致的充血性心力衰竭也可發生咯血。Ent等報道2例兒童患者，免疫復合物沉積同時引起肺出血與腎小球腎炎。Hernandez報道1例特發性細支氣管閉塞(IdiopathicBronchiolitisObliterans)患者發生了急進性腎炎，組織學檢查在肺和腎內都發生了大量IgA沉積。
免疫復合物腎炎時腎小球毛細血管有顆粒樣沉積，電鏡檢查可見電子致密物，血清抗GBM抗體陰性，而循環免疫復合物可陽性，與肺出血-腎炎綜合征區別不難。
2、狼瘡性腎炎此病患者表現急進性腎炎時，可出現急性腎功能衰竭伴肺出血癥狀，易與肺出血-腎炎綜合征混淆。但該病多見年青女性，一般有皮膚、關節等全身多系統損害，血清免疫學檢查可助診斷。
3、小血管炎腎炎此類疾病可有肺出血表現而近似肺出血-腎炎綜合征。但該病多見于50～70歲中老年人，有乏力、低熱、體重下降等全身癥狀明顯，血抗中性粒細胞胞質抗體(antibodiestoneutrophileytoplasmicantigens，ANCA)陽性。其中韋格納肉芽腫者可呈間質性炎癥，兩者偶可同時存在。
在許多血管炎中，小血管炎有兩種即Wegener肉芽腫及鏡下多血管炎，這兩種小血管炎其靶抗原分別為蛋白酶3(Proteinase3)及髓過氧化酶(Myeloperoxidase，相應的抗體(c-ANCA及p-ANCA)是引起小血管損害的原罪抗原，對小血管炎具有重要診斷價值。在Wegener肉芽腫及鏡下多血管炎時，上下呼吸道及腎臟最常受累。Wegener肉芽腫的形態學改變多種多樣，在口咽、鼻旁竇、氣管等處主要表現為潰瘍性變化，而肉芽腫樣變可有可無。所以，組織學檢查，尤其是小塊活組織檢查時，不能輕易排除Wegener肉芽腫之診斷。Wegener肉芽腫及鏡下多血管炎在腎臟可表現為局灶性節段性壞死性腎小球腎炎，常伴有新月體形成，腎小球內免疫沉積罕見。
4、急性腎炎伴左心衰竭此病可有血痰及呼吸困難表現，與肺出血-腎炎綜合征類似，但該病多見于青少年患者。多有鏈球菌感染史，常因嚴重高血壓、水鈉潴留而產生水腫、充血性心力衰竭。腎活體病理檢查可資鑒別。
5、急進性腎炎急進性腎炎(新月體性腎炎)的免疫發病機制除了抗GBM腎炎外，免疫復合物腎炎及細胞免疫性血管炎也可引起典型的新月體腎炎及急進性腎衰竭。
6、特發性肺含鐵血黃素沉著癥此病的咯血、痰中含鐵血黃素細胞及肺部X線表現都極似肺出血-腎炎綜合征。但此病多發生于16歲以下的青少年，病情進展緩慢，預后好，肺及腎活檢可助鑒別。