此病臨床表現比較一致,當患者出現眼外肌麻痹、胃腸道癥狀、惡液質、周圍神經病以及白質腦病可以考慮到此病的可能性,雖然線粒體形態和功能檢查可以發現異常,但主要依靠檢查TP活性、脫氧胸腺嘧啶核苷及脫氧尿嘧啶核苷濃度或TP基因發現異常而確診。
由于多種線粒體病可出現胃腸道癥狀,需要和具有MNGIE臨床特點的進行性眼外肌麻痹、卡恩斯-賽爾綜合征、線粒體胃腸肌病、Alpers綜合征和Pearson綜合征等鑒別。當癥狀不能完全滿足診斷標準時,應當想到和mtDNA的點突變相關的變異性MNGIE相鑒別。另外需考慮假性MNGIE的可能性,患者常沒有白質腦病,上述疾病由于為非TP功能障礙導致,TP活性、脫氧胸腺嘧啶核苷及脫氧尿嘧啶核苷濃度或TP基因檢查一般沒有明顯的異常。由于發病初期以胃腸道癥狀多見,需要和炎癥性腸病、腸系膜上動脈綜合征、神經性厭食以及家族性淀粉樣變性多神經病等相鑒別。以眼外肌麻痹為首發癥狀者易誤診為重癥肌無力。