質譜儀由工作原理的不同可區分如下：
按電離方式區分
電子碰撞質譜
化學電離質譜
光電離質譜
閾值電離質譜
按質量分析方式區分
從質譜儀所用的質量分析器的不同，把質譜儀分為雙聚焦質譜儀、四極桿質譜儀、飛行時間質譜儀、離子阱質譜儀、傅立葉變換質譜儀等。
靜電磁扇區質譜
四極質譜
飛行時間質譜
離子阱質譜
回旋共振質譜
