轉基因食品與人類的健康和生存有著最為直接的關系，但轉基因食品的安全問題一直是人類關注的焦點。
轉基因有沒有毒害要從轉入的基因和表達的產物看，從轉入原理、安全評價，從實踐、從長期跟蹤來看有沒有毒。對于轉入的基因，科學家已經進行了深入研究，其結構、功能和作用機理都是清晰明確的，產生的效果是可預期的。當一個科學家做一項轉基因之前一定知道這個基因的結果、功能表達的產物。轉基因食品的致敏性、毒性全都經過嚴格的試驗，對轉基因食品的安全性評價遠比普通食品要嚴格得多。
關于長期食用的安全性問題，在轉基因食品的安全性評價實驗過程中，借鑒了現行的化學品、食品、食品添加劑、農藥、醫藥等安全性評價理念，采取大大超過常規食用劑量的超常量實驗，應用一系列世界公認的實驗模型、模擬實驗和動物實驗的方法來代替人體實驗并推算長期食用對人是否存在安全性問題。在轉基因產品安全評價中，絕對不允許轉入表達致敏物和毒素的基因。
實際上關于轉基因食品的安全性是有權威結論的，即通過安全評價、獲得安全證書的轉基因生物及其產品是安全的。轉基因食品的安全性問題受到國際組織、各國政府和消費者的高度關注。國際食品法典委員會（CAC）制定的一系列轉基因食品安全評價指南，是全球公認的食品安全評價準則和世貿組織裁決國際貿易爭端的依據。各國安全評價的模式和程序雖然不盡相同，但總的評價原則和技術方法都是按照國際食品法典委員會的標準制定的。轉基因食品入市前都要通過嚴格的毒性、致敏性、致畸等安全評價和審批程序，比以往任何一種食品的安全評價都更加嚴格、具體。各相關國際組織、發達國家和我國已經開展了大量的科學研究，國內外均認為已經上市的轉基因食品與傳統食品同樣安全。
世界衛生組織（WHO）認為，“目前尚未顯示轉基因食品批準國的廣大民眾食用轉基因食品后對人體健康產生了任何影響”。
經濟合作與發展組織（OECD）聯合世界衛生組織（WHO）、聯合國糧農組織（FAO）召開專家研討會，得出“目前上市的所有轉基因食品都是安全的”結論。
歐盟委員會（EC）歷時25年，500多個獨立科學團體參與的130多個科研項目得出的主要結論是，“生物技術，特別是轉基因技術，并不比傳統育種技術危險。”
國際科學理事會（ICSU）認為，“現有的轉基因作物以及由其制成的食品，已被判定可以安全食用，所使用的檢測方法被認為是合理適當的。”
英國皇家醫學會、美國國家科學院、巴西科學院、中國科學院、印度國家科學院、墨西哥科學院和第三世界科學院聯合出版了《轉基因植物與世界農業》，達成的共識是“可以利用轉基因技術生產食品，這些食品更有營養、儲存更穩定，而且原則上更能夠促進健康，給工業化和發展中國家的消費者帶來惠益”。一個不爭的事實是，迄今為止，轉基因食品商業化以來，沒有發生過一起經過證實的食用安全問題。
毒理學學會認為：科學分析表明，轉基因食品的生產過程不大可能導致任何連毒理學家都不能預知的其他危害。對消費者而言，現有轉基因食品的安全水平看來與傳統食品的安全水平相當。
英國皇家學會認為：與傳統農作物相比，轉基因農作物不會對環境造成危害，食用轉基因農作物是安全的。
2009年，捷克科學院的白皮書指出：轉基因生物是安全的，應減少對轉基因農作物的限制。
世界衛生組織下屬國際癌癥研究機構（IARC）每年會發布最新的致癌物名單，轉基因食品這一大類并沒有出現在致癌名單中。