載體兩性電解質pH梯度等電聚焦電泳儀是利用蛋白質分子或其它兩性分子的等電點不同，在一個穩定的、連續的、線性或非線性的pH梯度中進行分離，具有以下特點：
一、優點：
1、分辨率高，區帶清晰、窄。
2、加樣部位自由，重現性好。
3、可測定蛋白和多肽的等電點。
二、缺點：
1、載體兩性電解質合成過程復雜，影響蛋白質點的位置，從而影響重復性。
2、負極漂移現象使pH梯度不穩定。
3、負極漂移現象使堿性蛋白質無法聚焦。
4、凝膠灌制重復性差，影響結果重復性。
5、需無鹽溶液，不適用于在等電點不溶解或發生變性的蛋白質。