凝膠包埋法常用的載體有海藻酸鈉凝膠、角叉菜膠、明膠、瓊脂凝膠，卡拉膠等天然凝膠以及聚丙烯酰胺、聚乙烯醇和光交聯樹脂等合成凝膠或樹脂。
天然凝膠采用溶膠狀天然高分子物質在酶存在下凝膠化的方法，包埋時條件溫和、操作簡便，對酶括性的影響甚少，但強度較差。合成的高分子則采用合成高分子的單體或預聚物在酶存在下聚合的方法。合成載體的強度較高，但需在一定的條件下進行聚合反應才能把酶包埋起來，聚合反應的條件往往會引起部分酶的變性失活，所以包埋條件的控制非常重要。如聚丙烯酰胺包埋是最常用的包埋法，制備時在酶溶液中加丙烯酰胺單體和交聯劑N，N-亞甲基雙丙烯酰胺，在氮氣的保護下，加聚合反應催化劑四甲基乙二胺和引發劑過硫酸鉀等使其在酶分子周圍進行聚合.形成交聯的高聚物網絡，酶分子便被包埋在剛聚合的凝膠內。