包埋固定化法是把酶固定聚合物材料的格子結構或微囊結構等多空載體中，而底物仍能滲入格子或微囊內與酶相接觸。這個方法比較簡便，酶分子僅僅是被包埋起來，生物活性被破壞的程度低，但此法對大分子底物不適用。
1) 網格型
將酶或包埋在凝膠細微網格中，制成一定形狀的固定化酶，稱為網格型包埋法。也稱為凝膠包埋法。
2) 微囊型
把酶包埋在由高分子聚合物制成的小球內，制成固定化酶。由于形成的酶小球直徑一般只有幾微米至幾百微米，所以也稱為微囊化法。
