由于臨床表現非常復雜，所以給診斷尤其早期診斷帶來困難，容易漏診誤診。臨床確診需要有陽性的病原學或血清學檢查結果，而這些特異性檢查往往又需時日。所以為了作好診斷，必須結合流行病學特點、早期的臨床特征、化驗檢查的特點三個方面進行綜合分析，并與其它疾病鑒別。
在流行區，夏秋季節，對一切具有疑似本病臨床表現并在近1～2周內有接觸疫水歷史的急性傳染病患者，應首先考慮本病的可能。在非流行區，亦可因接觸鼠類或其它宿主動物的分泌物而發生散在病例，因此在診斷時，應詳細了解患者的職業以及接觸感染源的一切可能性。
本病的早期呈急性感染表現，其主要特點可概括為：寒熱、酸疼、無力、結膜充血、腿疼、淋巴結痛等。寒熱多為突起，呈持續性或弛張性高熱，伴有畏寒，少數可有寒戰。酸疼為全身性并伴劇烈頭痛。結膜充血的特點為無分泌物、無疼痛及畏光感覺的充血。腿疼尤其是腓腸肌疼痛及壓痛是本病的早期特征，明顯的腓腸肌壓痛，拒按，甚至不能下床活動癥狀的出現在診斷上具有重要意義。淋巴結痛，淺層淋巴結尤其腹股溝淋巴結腫痛最為常見。除上述的主要特點外，患者早期還可有呼吸、消化系統的癥狀以及出血傾向，黃疸可早在發熱第三天出現，亦可在體溫下降時出現。
化驗檢查的特點是白細胞輕度增高，中性多形核細胞比例增加并有左移現象，血沉增快。輕度蛋白尿，尿鏡檢有紅、白細胞及管型，多數患者伴有程度不同的氮血癥。