DNA 結構在不同種類的生物體內存在著相當大的差異。
隨著對基因認識的不斷深入，發現在同種生物的不同個體之間，盡管其蛋白質產物的結構和功能完全相同或僅存在細微的差異，但在DNA 水平卻存在著差異，尤其在不編碼蛋白質的區域以及沒有重要調節功能的區域表現更為突出。DNA 順序上的大多數突變是中性突變，即不影響生物體的表型，因而過去對這些突變不太重視，也無法用傳統的遺傳學方法來研究。
但是，隨著分子生物學技術的不斷發展，人們從DNA 水平上直接分析生物體的突變成為可能。假如DNA 順序中的某個堿基發生了突變，使突變所在部位的DNA 序列產生（或缺失）某種限制性內切酶的位點。
這樣，利用該限制性內切酶消化此DNA 時，便會產生與正常不同的限制性片段。這樣，在同種生物的不同個體中會出現不同長度的限制性片段類型，即限制性片段多態性（Restriction Fragment Length Polymorphism ，RFLP ）。