男性非淋菌性尿道炎的并發癥
(1)前列腺炎：急性期排尿有較劇烈的疼痛感，并向尿道、陰囊和臀部方向放射。直腸有墜脹。也可合并排尿困難和陰莖痛性勃起，少數伴有發熱或全身不適。直腸指檢有前列腺腫大和壓痛。尿中可出現透明絲狀物或灰白色塊狀物。多數患者開始時即為慢性表現，表現為排尿不適、有會陰部、腹股溝、恥骨聯合上部、腰背部的輕微疼痛或酸脹感。檢查時前列腺呈不對稱腫大、變硬或硬結。
(2)附睪炎：可分急性和慢性。急性非淋菌性附睪炎較少見，發生率為1％，常與尿道炎癥同時存在，多為單側性。表現為附睪腫大，變硬，輸精管增粗、觸痛，也可有陰囊水腫。慢性期時，附睪尾部可有硬結和精索增粗。常可因性生活過度和酗酒等誘因引起急性發作。附皋炎時血清抗體有明顯增高，因此，血清學檢查對附睪炎的診斷有較大意義。
(3)精囊精索炎：常與前列腺同時存在。其臨床表現與前列腺炎相似，同時有精液帶血、射精痛和遺精次數增多等癥狀。直腸指檢可發現前列腺上界兩側壓痛、腫脹或有條束狀物。
(4) Reiter病：患者有尿道炎、眼結膜炎和多發性對稱性關節炎。部分患者有陰莖頭和包皮內的淺表糜爛，邊緣稍高，融合成多環狀，稱為環狀陰莖頭炎。受累的關節以膝、跺和肘為多見。關節病變可長達數月，偶爾并發心肌炎、胸膜炎和多發性神經炎，抽取關節滲出液有時可查出衣原體。血清中抗衣原體抗體滴度亦有所升高。但Reiter綜合征可能由多種原因引起，衣原體感染僅可能是其中之一。
女性沙眼衣原體感染的并發癥主要有
（1)急慢性盆腔炎：急性盆腔炎時表現為發熱、頭痛、食欲不振和下腹部疼痛，可伴有腹脹、惡心和嘔吐等消化道癥狀。檢查時下腹部有壓痛和反跳痛，子宮體壓痛和活動度受限，宮體兩側有壓痛，有時可們及腫物。慢性盆腔炎時全身癥狀多不明顯，主要表現為下腹部墜脹感和疼痛、腰酸和白帶增多等。卵巢功能受影響時出現月經不調。子宮內膜炎時可使月經量增多、經期延長或縮短、下腹部鈍痛。子宮體活動受限，一側或兩側輸卵管增粗呈條索狀，有時可們及囊性腫物，周圍有壓痛。反復發作可導致輸卵管阻塞而出現不孕和異位妊娠、流產、早產和死胎等。
(2)前庭大腺炎：在小陰唇和處女膜間的腺體開口處出現潮紅、水腫和局部疼痛，嚴重時可出現膿腫。慢性反復發作可形成囊腫，檢查時可觸及腫大的腺管及腺體。
(3)直腸炎：患者可有肛門疹癢、疼痛及豁液性分泌物。可見于男性同性戀患者，或是由于病原體的分泌物從泌尿生殖道感染肛門所致。
(4)肛周炎：是由沙眼衣原體引起的肝臟表面和鄰近腹膜的局限性纖維性炎癥，引起肝和隔肌粘連，致使右上腹疼痛。臨床上主要表現為發熱、盆腔痛和肛區痛。