均質機啟動之前，檢查均質料液，確保不含雜質，雜質顆粒尤其是金屬顆粒會損害管路和均質閥，縮短均質機的使用壽命；檢查管路，確保各組件正確安裝和密封，各處螺栓已完全鎖緊；檢查氣源（壓縮機或氮氣罐等），確保能提供工作時所需的壓力；檢查冷卻水，確保已按工藝要求提前制備好冷卻循環水，并接通冷卻水管路。
上樣之前，將管路中殘存的少量液體完全排空，然后將樣品導入樣品罐中，并在空壓下循環預均質兩遍。然后按工作要求提升均質壓力開始均質，待均質結束之后將壓力降為零，并排空料液。
