盡管現在人們可以越來越準確地預測microRNA的沉默效果，但還是需要高通量而且準確的直接驗證技術來驗證microRNA的沉默效果。
microRNA
這個在生物科學史上具有重要意義的小分子，在2008年又一次成為了世人矚目的焦點。microRNA通過與目標mRNA的3’UTR區域結合來阻止其翻譯，具體作用機制可分為兩種：一種是降解目標mRNA從而達到阻止其翻譯的目的，另一種則是直接抑制mRNA的翻譯過程。
為了了解細胞中基因的真正生物學意義，研究人員往往會使用很多microRNA分子來沉默細胞中大量的mRNA表達，有時候這些被沉默基因的數目甚至比所使用的microRNA數目還要多。而現在使用的計算機預測靶基因技術還不夠成熟，非常容易出錯。鑒于此，去年人們開始使用一種新型的大規模驗證方法，即在硅片上進行microRNA靶基因驗證的“濕試驗（真正的試驗而不是用計算機模擬的“干”試驗）”。
由于采用了這種方法，研究人員在2008年取得了一系列的成果。Nikolaus Rajewsky小組和David
Bartel小組都各自獨立地將蛋白質組學與分子生物技術結合在一起，使用定量質譜檢測技術檢測了細胞里蛋白質組水平的蛋白表達變化情況，然后將這些蛋白表達的改變情況與特定microRNA分子的多少聯系起來進行分析，以此來驗證microRNA的靶基因沉默效果。因為microRNA作用的結果就是導致某些蛋白表達量的減少，因此在蛋白質組水平上進行定量的檢測是應該可以檢測到這些蛋白表達量下降的。因此，使用該技術從理論上說是能夠準確判斷
microRNA分子是否能夠有效沉默靶基因的。
另一種從整體水平上來檢測microRNA靶基因沉默效果的辦法就是降解組測序法（degradome sequencing）。Pamela
Green小組和Michael
Axtell小組曾經在植物研究中使用過這一種新方法。在研究microRNA靶基因沉默效果時科研人員對microRNA介導的mRNA降解產物進行了測序，然后再使用這些被測出的序列與microRNA數據庫進行比對就能發現是哪些microRNA分子導致了這一種mRNA分子降解。這一技術在植物
microRNA研究中應用得非常成功，能非常準確地預測出microRNA針對的靶基因。不過，在其它以前還未能很好進行預測的物種中，這種方法的準確率有多高還需要進一步的實驗加以驗證。
與此同時，生物信息學家還在不斷豐富他們的數據庫，希望用更多的數據加以比對，從而提高計算機預測的準確率。其中的一種比對方法就是mirWIP方法。該方法由Victor
Ambros小組設計，他們使用的是已經經過免疫沉淀技術驗證過的秀麗隱桿線蟲（Caenorhabditis
elegans）microRNA數據庫及其相應靶mRNA數據庫，希望這樣能夠提高計算機預測的準確率。
上述整體水平檢測方法都極大提高了人們預測microRNA靶基因的準確率，也為人們進行下一步的試驗驗證工作提供了更準確的候選microRNA 分子，不過最終還是需要高通量的“濕試驗”來進行驗證確認。