1、麥粉
本病與進食麥粉關系密切，大量研究已證實麥膠（gluten）可能是本病的致病因素，故最近將本病病名直接改為麥膠性腸病，并認為發病機理是遺傳、免疫和麥膠飲食相互作用的結果。
本病患者對含麥膠（俗稱面筋）的麥粉食物異常敏感，大麥、小麥、黑麥、燕麥中的麥膠可被乙醇分解為麥膠蛋白（即麥素gliadin），其可能為本病的致病因素。麥素含有豐富的谷氨酸和脯氨酸，應用電泳技術可分離為α、β、γ和δ4種麥素。α麥素對小腸粘膜具有毒性。麥膠蛋白對腸粘膜的毒性在繼續水解后消失。正常人小腸粘膜細胞內有多肽分解酶，可將其分解為更小分子的無毒物質，但在活動性乳糜瀉病人，腸粘膜細胞酶活性不足，不能將其分解而致病。
本病的免疫病理研究發現，在活動性乳糜瀉病人的血、小腸分泌物及糞中可檢出醇溶麥蛋白抗體，近來亦可檢出肌內膜和網狀蛋白的IgA抗體。在禁食麥膠膳食一段時間后，再進麥膠食物時，患者血清中溶血補體和C3急劇下降，并可測出免疫復合體。小腸粘膜活檢可見到上皮間淋巴細胞增多，原位增殖，其中主要是致敏T細胞，體外器官培養實驗表明T細胞激活可造成小腸絨毛萎縮和腺體隱窩增生，以上均可提示本病是麥膠引起的一種免疫性疾病。
2、遺傳
本病具有遺傳傾向，與MHC基因密切相關，已觀察到患者家屬中多人得病，在家族中的無癥狀者，可檢出有醇溶麥蛋白、網狀蛋白及肌內膜蛋白抗體攜帶者。