主要是標本涂片染色顯微鏡檢查。
顯微鏡檢查可從患者鼻粘膜或皮損處取材，用抗酸性染色后檢查。一般瘤型和界線類患者標本中可找到細菌在細胞內存在，有診斷意義。結核樣型患者中很少找到細菌。欲提高檢查的陽性率，也可以用金胺染色后以熒光顯微鏡檢查。
麻風菌素試驗(lepromin test)對診斷沒有重要意義，因與結核菌有交叉反應，但可用于麻風的分型和了解預后。方法是應用麻風結節經生理鹽水提取制成麻風菌素(lepromin)作皮膚試驗，取0.1 ml注射于前臂皮內。反應有兩種：一種為早期反應，出現于注射后3～4d，紅腫直徑5mm以上者為陽性，表明患者對麻風菌素敏感； 另一種為后期反應，出現于3～4周，表明患者對麻風有免疫。