中藥品種繁多、藥材產地各異、成分復雜，無論是藥材還是成藥的分析，都是一項非常艱難的任務。中藥分析工作用現代化儀器設備和科技手段（如薄層色譜、HPLC等）雖取得巨大進展和成就，但往往只是對藥材和成藥成百上千個成分中的一個或幾個成分的分析，實際只是一種象征性的代表式分析，與之起化學和藥理效應的實際組合成分（起碼是有效成分）相比，仍有相當大的距離。隨著CE技術對中藥材及其有效成分的鑒別與分析的快速發展，建立在此基礎上的中成藥和中藥復方制劑中有效成分的定性、定量分析已有進展，且有希望解決長期困擾中藥質量控制中的重大難題。近年，報道CE分析中藥材已有18種、成藥70種和有效成分120個以上。
毛細管電泳法已經日益廣泛的應用到中藥有效成分的分離和含量測定中，分離測定的成分包括生物堿、黃酮類、有機酸類、酚類、苷類、蒽醌類、香豆素類等。