DAPI可用于固定細胞染色,但是因為活細胞染色對DAPI濃度有嚴格要求,它很少被用于活細胞染色。DAPI能快速進入活細胞中與DNA結合,因此DAPI對生物體而言,也被視為一種毒性物質與致癌物。然而在MSDS中它被標記為無毒。
盡管DAPI沒有顯現出對E.coli的誘變性,它在機器制造商提供的信息上被認為是一種DNA誘變劑。由于DAPI可以摻入DNA螺旋中,它很有可能有底層的DNA誘變性,因此應小心配置和使用DAPI。