DNA探針根據其來源有3種：一種來自基因組中有關的基因本身,稱為基因組探針（genomic probe）；另一種是從相應的基因轉錄獲得了mRNA,再通過逆轉錄得到的探針,稱為cDNA探針（cDNA probe）。與基因組探針不同的是,cDNA探針不含有內含子序列。此外,還可在體外人工合成堿基數不多的與基因序列互補的DNA片段,稱為寡核苷酸探針。
