PacBio三代單分子測序獲表觀遺傳研究新發現

　　來自福建農林大學海峽聯合研究院林學中心等處的研究人員發表了題為“Comprehensive profiling of rhizome-associated alternative splicing and alternative polyadenylation in moso bamboo (Phyllostachys edulis)”的文章，采用PacBio第三代單分子測序，并結合RNA-seq和PAS-seq (polyadenylation site sequencing)，全面解析了選擇性拼接和選擇性多聚腺苷酸化在毛竹地下莖組織生長發育中的調控。

　　這一研究成果公布在植物學權威期刊The Plant Journal雜志上，通訊作者為福建農林大學馬留銀副教授與顧連峰教授，第一作者為王濤濤、王匯源及蔡大偉。

　　毛竹是生長最快的植物之一，福建是毛竹的主要產區，研究其快速生長機制具有重要的理論意義和實際應用價值。毛竹地下莖系統運輸養分是莖稈快速生長的重要保障，但其生長發育的調控機制尚未開展研究。

　　在這篇文章中，研究人員采用PacBio第三代單分子測序，并結合RNA-seq和PAS-seq兩種測序方法，對毛竹地下系統幾個關鍵組織的選擇性拼接和選擇性多聚腺苷酸化進行了全面解析和量化，發現二者相互關聯調控轉運蛋白、轉錄因子、纖維素合成酶及翻譯調節因子等相關基因，調控毛竹地下莖不同組織生長發育。

　　這項研究對毛竹基因進行重注釋，并發現一批新的編碼基因及非編碼RNA，并對富含DNA甲基化的轉座子側翼選擇性多聚腺苷酸化的表觀遺傳學調控進行了初步的探索，這一成果為后續研究毛竹轉錄后調控及表觀遺傳學與快速生長的關系奠定了重要的前期基礎。

　　上個月，中科院遺傳與發育生物學研究所，四川農業大學的研究人員也利用PacBio單分子測序，結合遺傳圖譜和fosmid文庫測序，BioNano光學圖譜的驗證，對一個秈稻基因組蜀恢498（R498）進行測序。最后得到一個長度為390.3 Mb的基因組，共由17個連續DNA片段（Super-Contig）組成，包括7條頭尾相連的染色體和5條分成兩個Super-Contig的染色體。

　　蜀恢498的基因組是目前所有高等動植物中組裝質量最高的基因組，除了5個著絲粒重復序列區域和其它少數幾個串聯重復序列區域，整個基因組都被組裝了出來；其基因組完整性和連續性都大大高于日本晴及擬南芥等基因組，且有更低的錯誤率。