走近大科學工程：國家蛋白質科學中心
圖為蛋白質科學研究（上海）設施核磁共振分析系統 生活中的烏云總是不期而至。一位正值花季的美國女孩，突然被告知患上了一種非常難治的癌癥。基因檢測結果顯示，她所患癌癥的亞型發生率極低。 在患同一大類癌癥的人群中，只有2%的人所患亞型和她一樣。幸運的是，針對這一亞型恰好有一種特效藥。經過不到3個月的治療，她痊愈了。 國家蛋白質科學中心·上海（籌）主任雷鳴用這個真實的案例，向科技日報記者生動闡釋了精準醫療的未來圖景。但并非所有的癌癥患者都和那位女孩一樣幸運。在人類通往精準醫療的道路上，蛋白質科學研究將扮演什么角色？身為國家大科學工程之一的蛋白質科學研究（上海）設施（以下簡稱“上海設施”）對推進蛋白質科學研究將起到怎樣的作用？ 為回答這些問題，科技日報記者近日走進國家蛋白質科學中心·上海（籌）一探究竟。 不容小覷的“儀器集群” 和以往走進的國家大科學工程相比，上海設施沒能在視覺上給人造成強大沖擊。 “我們這里主要是一些體......閱讀全文
我國科學家首創蛋白質動態結構AI建模方法
科技日報記者 劉園園 西湖大學12月8日公布，該校人工智能（AI）講席教授李子青團隊與廈門大學、德睿智藥合作，首創研發了能夠刻畫蛋白質構象變化與親和力預測的AI模型——ProtMD。 這是第一個嘗試解析蛋白質動態構象的人工智能方法，可輔助藥物化學專家更加精準地篩選出高活性小分子，從而加速臨床前藥物研
蛋白質根據蛋白質結構進行分類
纖維蛋白（fibrous protein）：一類主要的不溶于水的蛋白質，通常都含有呈現相同二級結構的多肽鏈許多纖維蛋白結合緊密，并為單個細胞或整個生物體提供機械強度，起著保護或結構上的作用。球蛋白(globular protein)：緊湊的，近似球形的，含有折疊緊密的多肽鏈的一類蛋白質，許多都溶于水
關于蛋白質結構的結構種類概述
蛋白質分子是由氨基酸首尾相連縮合而成的共價多肽鏈，但是天然蛋白質分子并不是走向隨機的松散多肽鏈。每一種天然蛋白質都有自己特有的空間結構或稱三維結構，這種三維結構通常被稱為蛋白質的構象，即蛋白質的結構。 蛋白質的分子結構可劃分為四級，以描述其不同的方面： 一級結構：組成蛋白質多肽鏈的線性氨基酸
關于蛋白質結構的結構測定介紹
專門存儲蛋白質和核酸分子結構的蛋白質數據庫中，接近90%的蛋白質結構是用X射線晶體學的方法測定的。X射線晶體學可以通過測定蛋白質分子在晶體中電子密度的空間分布，在一定分辨率下解析蛋白質中所有原子的三維坐標。大約9%的已知蛋白結構是通過核磁共振技術來測定的。該技術還可用于測定蛋白質的二級結構。除了
關于蛋白質結構的結構預測介紹
測定蛋白質序列比測定蛋白質結構容易得多，而蛋白質結構可以給出比序列多得多的關于其功能機制的信息。因此，許多方法被用于從序列預測結構。 一、二級結構預測 二、三級結構預測 同源建模：需要有同源的蛋白三級結構為基礎進行預測。 Threading法。“從頭開始”（Ab initio）：只需要蛋
蛋白質整體的結構
蛋白質是以氨基酸為基本單位構成的生物大分子。蛋白質分子上氨基酸的序列和由此形成的立體結構構成了蛋白質結構的多樣性。蛋白質具有一級、二級、三級、四級結構，蛋白質分子的結構決定了它的功能。 一級結構：蛋白質多肽鏈中氨基酸的排列順序，以及二硫鍵的位置。 二級結構：蛋白質分子局區域內，多肽
蛋白質立體結構原則
1.由于C=O雙鍵中的π電子云與N原子上的未共用電子對發生“電子共振”，使肽鍵具有部 分雙鍵的性質，不能自由旋轉。 ? 2.與肽鍵相連的六個原子構成剛性平面結構，稱為肽單元或肽鍵平面。但由于α-碳原子與其他原子之間均形成單鍵，因此兩相鄰的肽鍵平面可以作相對旋轉。此單鍵的旋
蛋白質的基本結構
蛋白質是以氨基酸為基本單位構成的生物高分子。蛋白質分子上氨基酸的序列和由此形成的立體結構構成了蛋白質結構的多樣性。蛋白質具有一級、二級、三級、四級結構，蛋白質分子的結構決定了它的功能。一級結構（primary structure）：氨基酸殘基在蛋白質肽鏈中的排列順序稱為蛋白質的一級結構，每種蛋白質都
谷歌DeepMind:已發現科學界幾乎所有已知的蛋白質結構
“從今天起，預測幾乎所有已知蛋白質的結構，都如同使用搜索引擎一樣簡單。”7月28日，DeepMind公司與歐洲生物信息研究所（EMBL-EBI）的合作團隊公布了生物學領域的一項重大飛躍。他們利用人工智能（AI）系統AlphaFold預測出超過100萬個物種的2.14億個蛋白質結構，幾乎涵蓋了地球上所
蛋白質二維結構的結構特點
二維結構是指原子或離子集團中的原子或離子具有在空間沿二維方向的正、反向延伸作有規律排布的結構。
蛋白質三級結構的結構特點
三級結構是由一個已經具有了某些a-螺旋和/或b折疊區的多肽鏈折疊成一個緊密包裹的、幾乎成球形的空間結構，或稱為天然構象。三級結構的一個重要特點是在一級結構上離得遠的氨基酸殘基在三級結構中可以靠的很近，它們的側鏈可以發生相互作用。二級結構是靠骨架中的酰胺和羰基之間形成的氫鍵維持穩定的，三級結構主要是靠
蛋白質結構的相關介紹
蛋白質結構是指蛋白質分子的空間結構。作為一類重要的生物大分子，蛋白質主要由碳、氫、氧、氮、硫等化學元素組成。所有蛋白質都是由20種不同的L型α氨基酸連接形成的多聚體，在形成蛋白質后，這些氨基酸又被稱為殘基。蛋白質和多肽之間的界限并不是很清晰，有人基于發揮功能性作用的結構域所需的殘基數認為，若殘基
噬菌體蛋白質的結構
無尾部結構的二十面體：這種噬菌體為一個二十面體，外表由規律排列的蛋白亞單位——衣殼組成，核酸則被包裹在內部。有尾部結構的二十面體：這種噬菌體除了一個二十面體的頭部外，還有由一個中空的針狀結構及外鞘組成的尾部，以及尾絲和尾針組成的基部。線狀體：這種噬菌體呈線狀，沒有明顯的頭部結構，而是由殼粒組成的盤旋
蛋白質折疊的主要結構
蛋白質的主要結構及其線性氨基酸序列決定了其天然構象。特定氨基酸殘基及其在多肽鏈中的位置是決定因素，蛋白質的某些部分緊密折疊在一起并形成其三維構象。氨基酸組成不如序列重要。然而，折疊的基本事實仍然是，每種蛋白質的氨基酸序列都包含指定天然結構和達到該狀態的途徑的信息。這并不是說幾乎相同的氨基酸序列總是相
蛋白質的結構與功能
蛋白質分子中關鍵活性部位氨基酸殘基的改變，會影響其生理功能，甚至造成分子病（moleculardisease）。例如鐮狀細胞貧血，就是由于血紅蛋白分子中兩個β亞基第6位正常的谷氨酸變異成了纈氨酸，從酸性氨基酸換成了中性支鏈氨基酸，降低了血紅蛋白在紅細胞中的溶解度，使它在紅細胞中隨血流至氧分壓低的外周
蛋白質立體結構的形成
在對蛋白質立體結構有所了解的基礎上，蛋白質化學家很自然地希望闡明蛋白質立體結構是如何形成的，即肽鏈是如何折疊的。從Anfinsen經典的核糖核酸酶的還原和重氧化實驗，得出蛋白質肽鏈折疊的基本原則：蛋白質的氨基酸序列決定了蛋白質的立體結構，即肽鏈的折疊方式。肽鏈折疊的本質，可以簡單地理解為將肽鏈中絕大
蛋白質按結構種類分類
纖維蛋白（fibrous protein）：一類主要的不溶于水的蛋白質，通常都含有呈現相同二級結構的多肽鏈許多纖維蛋白結合緊密，并為單個細胞或整個生物體提供機械強度，起著保護或結構上的作用。球蛋白(globular protein)：緊湊的，近似球形的，含有折疊緊密的多肽鏈的一類蛋白質，許多都溶于水
簡述蛋白質結構的作用
1、蛋白質結構的作用—構成生物體內基本物質，為生長及維持生命所必需； 2、蛋白質結構的作用—部分蛋白質可作為生物催化劑，即酶和激素； 3、蛋白質結構的作用—生物的免疫作用所必需的物資； 4、蛋白質結構的作用—有些蛋白質會導致食物過敏。
蛋白質的結構和功能
蛋白質是細胞組分中含量最豐富、功能最多的高分子物質。酶、抗體、多肽激素、轉運蛋白、收縮蛋白以及細胞的骨架結構均為蛋白質。幾乎在所有的生物過程中起著關鍵作用。蛋白質的基本組成單位是氨基酸。構成天然蛋白質的氨基酸有二十種,分為非極性、疏水性氨基酸；極性、中性氨基酸；酸性氨基酸和堿性氨基酸。氨基酸借助肽鍵
蛋白質的整體結構介紹
蛋白質是以氨基酸為基本單位構成的生物高分子。蛋白質分子上氨基酸的序列和由此形成的立體結構構成了蛋白質結構的多樣性。蛋白質具有一級、二級、三級、四級結構，蛋白質分子的結構決定了它的功能。蛋白質分子的化學鍵一級結構（primary structure）：氨基酸殘基在蛋白質肽鏈中的排列順序稱為蛋白質的一級
蛋白質的結構及蛋白質的功能（二）
?? (二)蛋白質空間橡象與功能活性的關系 蛋白質多種多樣的功能與各種蛋白質特定的空間構象密切相關，蛋白質的空間構象是其功能活性的基礎，構象發生變化，其功能活性也隨之改變。蛋白質變性時，由于其空間構象被破壞，故引起功能活性喪失，變性蛋白質在復性后，構象復原，活性即能恢復。 在生物體內，當某種物質
蛋白質的結構及蛋白質的功能（一）
?? 蛋白質為生物高分子物質之一，具有三維空間結構，因而執行復雜的生物學功能。蛋白質結構與功能之間的關系非常密切。在研究中，一般將蛋白質分子的結構分為一級結構與空間結構兩類。 一、蛋白質的一級結構 蛋白質的一級結構(primary structure)就是蛋白質多肽鏈中氨基酸殘基的排列順序(
預測蛋白質結構只是開始－AI或為生命科學領域帶來巨變
蛋白質結構預測是生物學的重要“圣杯”，也是人工智能落子生命科學領域最炙手可熱的研究之一。 近日，我國自研深度學習蛋白質折疊預測平臺TRFold傳來好消息，其基于2020年第14屆國際蛋白質結構預測競賽（CASP14）蛋白質測試集的成績僅次于“阿爾法折疊的迭代版”（AlphaFold2），排名全
預測蛋白質結構只是開始－AI或為生命科學領域帶來巨變
蛋白質結構預測是生物學的重要“圣杯”，也是人工智能落子生命科學領域最炙手可熱的研究之一。 近日，我國自研深度學習蛋白質折疊預測平臺TRFold傳來好消息，其基于2020年第14屆國際蛋白質結構預測競賽（CASP14）蛋白質測試集的成績僅次于“阿爾法折疊的迭代版”（AlphaFold2），排名全
科學家模仿蛋白質重疊結構發明了微型機器人
據國外媒體報道，美國麻省理工學院比特和原子研究中心(Center for Bits and Atoms)科學家們模擬蛋白質重疊結構發明了微型機器人，該微型機器人有望在諸如生物醫學和航空航天等領域得到廣泛應用。 據報道，科學家將這個機器人命名為“milli-motein”，這個名字反映了
科學家應用同步輻射技術揭示納米材料蛋白質冠界面結構
納米材料進入機體后，不可避免會吸附體液中的蛋白質分子，形成納米材料-蛋白質冠(nanoparticle-protein corona)，對納米材料生物學效應及其生物醫學應用產生重大影響。因此，研究納米材料與蛋白質作用的界面結構有著重要意義。 目前，如何解析納米材料與蛋白質作用的界面結構
關于蛋白質結構的一級結構介紹
蛋白質的一級結構（primary structure）就是蛋白質多肽鏈中氨基酸殘基的排列順序（sequence），也是蛋白質最基本的結構。它是由基因上遺傳密碼的排列順序所決定的。各種氨基酸按遺傳密碼的順序，通過肽鍵連接起來，成為多肽鏈，故肽鍵是蛋白質結構中的主鍵。 迄今已有約一千種左右蛋白質的
簡述蛋白質結構在蛋白質設計中的應用
蛋白質設計的目標是通過計算機輔助的算法以生成符合目標蛋白質三維結構的氨基酸序列，經過漫長的進化，自然界已經篩選出了數量眾多的蛋白質，但天然蛋白質只有在自然條件下才發揮最佳功能，這使得人們利用這些蛋白質受到了限制，因此需要對蛋白質進行改造使其能適應特定條件發揮特定的功能。蛋白質分子的設計分為3類：
谷歌宣布：其數據庫可以預測科學界幾乎所有蛋白質結構
谷歌 DeepMind 今日宣布，其發布的免費數據庫對科學界已知的幾乎所有蛋白質的結構進行了預測。DeepMind 在 2020 年憑借其 AlphaFold AI 軟件轟動了科學界，該軟件可以對蛋白質結構進行高度準確的預測，這些信息可以幫助科學家了解它們的工作原理，從而有助于治療疾病和開發藥物。去
蛋白質組結構和功能特點
蛋白質組(Proteome)的概念最先由Marc Wilkins提出，指由一個基因組(Genome)，或一個細胞、組織表達的所有蛋白質(protein). 蛋白質組的概念與基因組的概念有許多差別，它隨著組織、甚至環境狀態的不同而改變。在轉錄時，一個基因可以多種mRNA形式剪接，一個蛋白質組不是一個基