我國學者攻破高質量角苔參考基因組
苔蘚類包括苔、蘚和角苔三大分支，是現存最早的陸生植物，代表了植物演化過程中從水生到陸生的過渡類群。長久以來關于早期陸地植物的起源與植物登陸一直存在諸多爭論和未解之謎。近年來，人們利用組學數據將早期陸地植物的系統位置爭論聚焦到了角苔類上。角苔類以其難解的系統位置、衍生與原始兼具的形態特征、與細菌和真菌廣泛共生的特異現象而備受關注。 在中國科學院植物研究所系統與進化植物學國家重點實驗室的布局與支持下，陳之端研究組于2008年啟動了角苔基因組測序計劃，多年來通過研究團隊間密切合作，創新研究方法攻堅克難，終于在角苔基因組的解析上獲得了突破。研究人員利用三代測序的Nanopore數據和二代測序的Illumina數據，通過一系列精細設計的去污染流程，得到了119 Mb (contig N50 796.64 kb，scaffold N50 1.09 Mb)的芽胞角苔(Anthoceros angustus) 基因組組裝結果，獲得了第一個......閱讀全文
小小角苔－會“借”基因——首個高質量角苔參考基因組發布
中國科學院植物研究所研究員陳之端團隊通過一系列精細設計的去污染流程，得到了119 Mb的芽胞角苔基因組組裝結果，獲得了第一個高質量的角苔參考基因組，填補了苔蘚類植物相關研究的空白。相關成果2月10日作為封面文章在線發表于國際學術期刊《自然—植物》（Nature Plants）上。圖片來源于網絡
我國學者攻破高質量角苔參考基因組
苔蘚類包括苔、蘚和角苔三大分支，是現存最早的陸生植物，代表了植物演化過程中從水生到陸生的過渡類群。長久以來關于早期陸地植物的起源與植物登陸一直存在諸多爭論和未解之謎。近年來，人們利用組學數據將早期陸地植物的系統位置爭論聚焦到了角苔類上。角苔類以其難解的系統位置、衍生與原始兼具的形態特征、與細菌和
抗根腫病蕪菁高質量參考基因組發布
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/4/478019.shtm 蕓苔屬植株在長期對抗根腫病菌的過程中CR基因的進化模型?? 課題組供圖 近日，華中農業大學教授張椿雨、教授楊慶勇團隊與沈陽農業大學教授樸鐘云團隊合作，發布了抗根腫病的歐
高質量豌豆參考基因組和泛基因組解析完成
9月22日，中國農業科學院作物科學研究所特色農作物優異種質資源發掘與創新利用創新團隊聯合國內外多家合作單位，成功繪制了中國豌豆基因組高質量精細物理圖譜，構建了栽培和野生豌豆泛基因組，解析了豌豆基因組進化特征、群體遺傳結構，為揭示豌豆起源馴化，以及基因挖掘、種質創新、育種改良提供了寶貴資源及數據支撐。
首個野生大豆高質量參考基因組被解析
近日，香港中文大學林漢明教授團隊及華大基因等多家國內外機構合作完成了全球首個野生大豆高質量參考基因組解析，該成果為挖掘野生大豆遺傳資源和改良、優化栽培大豆品種提供了重要工具。相關研究成果近日在線發表于《自然-通訊》。圖片來源于網絡 基因組信息是當前作物改良計劃的重要基礎。過往大豆基因組研究主要
破譯對蝦基因組－獲國際首個高質量對蝦基因組參考圖譜
由中國科學院海洋研究所相建海和李富花研究組主導的研究團隊，與國內外多家單位共同合作，歷時十年成功破譯凡納濱對蝦基因組，獲得國際首個高質量對蝦基因組參考圖譜，研究成果于1月21日在《自然-通訊》（Nature communications）在線發表，為甲殼動物研究及對蝦基因組育種和分子改良提供了重
我國牽頭完成高質量豌豆參考基因組和泛基因組解析
9月22日，中國農業科學院作物科學研究所特色農作物優異種質資源發掘與創新利用創新團隊聯合國內外多家合作單位，成功繪制了中國豌豆基因組高質量精細物理圖譜，構建了栽培和野生豌豆泛基因組，解析了豌豆基因組進化特征、群體遺傳結構，為揭示豌豆起源馴化，以及基因挖掘、種質創新、育種改良提供了寶貴資源及數據支
PacBio構建目前最高質量的植物基因組參考序列
來自中科院遺傳與發育生物學研究所，四川農業大學的研究人員發表了題為“Sequencing and de novo assembly of a near complete indica rice genome”的文章，對一個秈稻基因組蜀恢498（R498）進行PacBio單分子測序，結合遺傳圖譜和
水生所發布高質量AB品系斑馬魚參考基因組
斑馬魚是生命科學、健康科學和環境科學等研究領域的重要模式生物之一。常見的兩種實驗室斑馬魚品系分別是Tubingen品系和AB品系。其中，AB品系斑馬魚被國內外很多實驗室作為研究對象。然而，卻缺乏一個高質量的AB品系斑馬魚參考基因組。 由于不同品系斑馬魚來源不同，各品系之間存在著大量基因序列上的
Frontiers－in－Genetics首個非性逆轉黃鱔高質量基因組參考圖譜
中國水產科學研究院長江水產研究所水產養殖與遺傳育種研究室科研人員在國際期刊《遺傳學前沿》（Frontiers in Genetics）發表題為《Chromosome-Scale, Haplotype-Resolved Genome Assembly of Non-Sex-Reversal Fem
具有獨特濃郁風味的中國水蜜桃高質量參考基因組發布
近日，北京市農林科學院在《自然·通訊》上發表了研究論文，公布了具有獨特濃郁風味的中國水蜜桃高質量參考基因組，闡釋了以水蜜桃為代表的優質資源對于全球桃現代育成品種遺傳貢獻；揭示了桃風味改良過程中，東、西方對甜度趨同選擇和酸度分化選擇的模式，解析了重要基因在果實有機酸和可溶性糖積累中的功能。該研究提
科學家首次發布銀鯧高質量染色體水平參考基因組
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/519516.shtm近日，中國科學院海洋研究所在銀鯧基因組學研究方面取得新進展，首次發布了我國重要名貴經濟魚類——銀鯧的高質量染色體水平參考基因組，相關研究成果在《自然》子刊《科學數據》在線發表。銀鯧隸屬
科學家構建出目前最高質量的植物基因組參考序列
隨著PacBio單分子實時（SMRT）測序技術的發展，利用它已能夠獨立完成高質量基因組草圖的組裝。然而，這些草圖序列中仍然存在多種錯誤，比如序列中會包含有很多嵌合體（即不同位置的序列連接到了一起）或是組裝質量比較差的區域等，特別是重復序列區域有的沒有組裝出來，有的組裝出來多個序列，而且這些錯誤通
我國科學家發布海帶高質量染色體水平參考基因組
近日，中國科學院海洋研究所海藻種質庫團隊在大型海藻基因組學研究方面取得重要突破，成功構建了海帶的高質量染色體水平參考基因組。該成果發表在國際期刊《科學數據》。這是該團隊在海洋經濟藻類基因組研究領域取得的又一重要成果，為海帶的遺傳改良和基因組學研究提供了關鍵資源。海帶孤雌生殖孢子體基因組組裝 海洋
香港中文大學等解析全球首個野生大豆高質量參考基因組
香港中文大學林漢明團隊和華大基因等多家機構合作，完成全球首個野生大豆高質量參考基因組解析。該成果為挖掘野生大豆遺傳資源和改良、優化栽培大豆品種提供了重要依據。相關成果近日在線發表于《自然—通訊》。 “大豆的基因組含有大量重復區，組裝時困難重重。我們整合了幾種最新測序方法產生大量數據，才最終把問
研究發布首個高質量染色體水平的哀牢髭蟾參考基因組
哀牢髭蟾（Vibrissaphora ailaonica）[Amphibiaweb（2019），Frost（2019）和中國兩棲類（2019）將其歸為Leptobrachium ailaonicum的同物異名] 俗稱“胡子蛙”、“深山角怪”，屬兩棲綱、無尾目、角蟾科，是中國特有種。該物種具有多個
科學家獲取染色體級別的高質量橡膠樹參考基因組圖譜。
橡膠樹（Hevea brasiliensis (Willd. ex A. Juss.) Muell. Arg. ）是大戟科（Euphorbiaceae）植物。在植物界大約2,500種產膠植物中（如杜仲Eucommia ulmoides Oliver和橡膠草 Taraxacum kok-sagh
昆明動物所首個高質量染色體水平的哀牢髭蟾參考基因組
哀牢髭蟾（Vibrissaphora ailaonica）[Amphibiaweb（2019），Frost（2019）和中國兩棲類（2019）將其歸為Leptobrachium ailaonicum的同物異名] 俗稱“胡子蛙”、“深山角怪”，屬兩棲綱、無尾目、角蟾科，是中國特有種。該物種具有多個
高質量枸杞基因組被公開
2021年6月3日，Nature旗下期刊Communications Biology發表了寧夏農林科學院曹有龍研究員團隊與福建農林大學劉仲健教授團隊等合作完成的“Wolfberry genomes and the evolution of Lycium (Solanaceae)” 的重要成果。該
首個葡萄完整參考基因組發布
記者從中國農科院獲悉， 該院的深圳農業基因組研究所作物組學大數據與應用創新團隊聯合國外科研團隊，于近日繪制了首個葡萄完整參考基因組圖譜。 該研究成果作為封面文章發表在《園藝研究（Horticulture Research）》上，以致敬沃森和克里克提出DNA雙螺旋結構模型七十周年。 據介紹，該
首個葡萄完整參考基因組發布
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/6/503617.shtm近日，中國農業科學院深圳農業基因組研究所作物組學大數據與應用創新團隊聯合國外科研團隊，繪制了首個葡萄完整參考基因組圖譜。研究成果以封面文章發表在《園藝研究》（Horticulture
西藏大學等在線發布了第一個藏族人群高質量參考基因組
10月23日，《國家科學評論》雜志在線發布了第一個藏族人群高質量參考基因組。該成果是中國科學院昆明動物研究所宿兵課題組、西藏大學歐珠羅布與崔超英課題組、中國科學院上海營養與健康研究所徐書華課題組、青海省高原醫學科學研究院吳天一課題組等，經過兩年多聯合攻關完成的藏族人群高原適應研究的又一階段性成果
瀕危植物報春苣苔交配系統轉變基因組效應獲揭示
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/10/488438.shtm 近日，中國科學院華南植物園植物科學研究中心研究員康明團隊以苦苣苔科報春苣苔（Primulina tabacum）為對象，研究揭示了瀕危植物報春苣苔交配系統由異交向自交轉變的基因
科學家發表苔蘚多樣性、系統發育和適應性綜述
近日，中國科學院植物研究所科研人員與合作者在《實驗植物學雜志》上發表了基于基因組和轉錄組數據針對苔蘚植物的多樣性、系統發育和適應性研究的綜述，該綜述對目前已經發布的14個苔蘚植物的基因組和151個苔蘚植物的轉錄組進行了總結和梳理。 苔蘚植物包括苔、蘚和角苔三大分支，是現存最早的陸生植物，為
高質量向日葵基因組“來了”
英國《自然》雜志5月21日發表論文稱，法國卡斯塔內托洛桑國家農業研究院科研人員測序獲得了高質量的向日葵參考基因組，這在此前是非常難以完成的。這一資源將為未來的研究提供幫助，有助于人們在考慮到農業限制因素和人類營養需求的前提下，利用遺傳多樣性改善向日葵的抗逆性和產油量。 向日葵是一種全球性的油料
谷子高質量圖基因組“面紗”揭開
谷子即小米，起源于中國，作為糧食作物深受老百姓喜愛。近日，中國農業科學院作物科學研究所特色農作物優異種質資源發掘與創新利用團隊，通過對谷子種質資源的基因組分析，組裝了首個谷子高質量圖基因組，系統闡明了谷子起源及馴化改良的過程，并創制了谷子圖基因組精準高效育種方法，為培育谷子突破性品種提供了理論基礎和
高質量的巴戟天基因組圖譜發布
中藥材巴戟天來源于茜草科植物巴戟天（Morinda officinalis How）的干燥根，是我國著名的“四大南藥”和“十大廣藥”之一，具有1700余年藥用歷史，并收載于歷版《中華人民共和國藥典》。巴戟天在廣東省的栽培面積最大，產量占全國總產量的90%以上，肇慶市高要、德慶等地為歷史道
高質量沙漠蝗蟲基因組測序完成
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/6/481733.shtm 近日，美國農業部農業研究院（ARS）的一項研究公布了第一個高質量沙漠蝗蟲基因組。這項研究是ARS的Ag100Pest計劃的一部分。該計劃旨在破譯對農業和環境產生影響的100種害蟲
－震驚！Genbank參考基因組序列多處錯誤！
?震驚！Genbank參考基因組序列多處錯誤！ 隨著基因組測序技術的飛速發展以及測序成本的快速降低，全基因組數據也在急速增加。盡管參考基因組數據是非常有價值的資源，但是由于測序過程中的外源污染或者研究者對數據組裝方法的誤用，使得基因組數據面臨很多問題。 近日，約翰霍
Nature：系統解析斑馬魚參考基因組
斑馬魚(Zebrafish)是研究發育生物學的新興模式動物。斑馬魚由于具有飼育容易、胚胎透明、體外受精、突變種多、遺傳學工具成熟等諸多優點，近年來已成為研究脊椎動物發育與人類遺傳疾病的新興模式動物。 近日，英國桑格研究所(Wellcome Trust Sanger Institute)