北京基因組所發布癌癥單細胞表達圖譜數據庫CancerSCEM
近日，中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）國家基因組科學數據中心開發的癌癥單細胞表達圖譜數據庫CancerSCEM上線。該研究成果以CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human cancers為題在國際學術期刊Nucleic Acid Research在線發表。 單細胞分辨率的全轉錄組測序技術（scRNA-seq）具有研究細胞異質性的顯著優勢，已成為研究腫瘤微環境、癌癥發病機制、轉移與侵襲以及各類癌癥治療與診斷不可或缺的手段。截至2021年11月，PubMed已有超過1300個癌癥相關的單細胞轉錄組學研究，極大提升了人們對人類癌癥發生發展的理解，推動了癌癥臨床診斷與治療的進程。大規模癌癥scRNA-seq數據在過去十年中呈現爆炸式增長，迫切需要對這些數據進行規范化整合與處理，對各類癌癥的腫瘤微環境進行深入挖掘與比......閱讀全文
北京基因組所發布癌癥單細胞表達圖譜數據庫CancerSCEM
近日，中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）國家基因組科學數據中心開發的癌癥單細胞表達圖譜數據庫CancerSCEM上線。該研究成果以CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human cance
北京基因組所發布癌癥單細胞表達圖譜數據庫CancerSCEM
近日，中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）國家基因組科學數據中心開發的癌癥單細胞表達圖譜數據庫CancerSCEM上線。該研究成果以CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human can
利用DNA圖譜診斷癌癥
作為無創產前診斷等相關領域技術的首創者，來自香港中文大學的盧煜明（DennisLo）教授最早就曾發現孕婦外周血中存在“漂流”的胎兒DNA，也就是說，假設每毫升母親樣品相當于1000個基因組，則總共含有1900條母親的21號染色體，100條整倍體胎兒的21號染色體或150條21三體胎兒的21號染色
全球首份癌癥病例圖譜發布
日前，《科學》雜志刊登了瑞典科學家的重磅成果——全球首份癌癥病例圖譜“Atlas”，將數千種特定癌癥相關基因與患者生存情況聯系起來，發掘出32種不以癌癥類型分類、但與80%人類癌癥相關的“公共”基因，可作為潛在新藥研發的精準靶點。新圖譜被認為是腫瘤臨床實踐革命性改進的重要推手。 據《麻省理工技
基于八大基因組學數據庫－構建迄今最完整的癌癥eRNA圖譜
增強子RNA（eRNA）是一種從增強子轉錄的非編碼RNA。目前，科學家已經在人類細胞中鑒定出數以萬計的eRNA，其中許多都在RNA轉錄過程中發揮重要作用，以介導靶基因的激活。在人類癌癥中，癌基因或致癌信號通路的激活通常引起增強子的激活和eRNA的產生。例如，ESR1的激活可以整體上增加乳腺癌中e
Nature：癌癥數據庫ClinVar打破Myriad壟斷
??????? 去年，美國最高法院判定Myriad Genetics持有的BRCA1和BRCA2 DNA序列測試ZL無效，美國最高法院判定也意味著未來美國國內的癌癥檢查價格將變得更加便宜、普遍。 BRCA1基因的發現和致病相關性是Mary-Claire King博士在1990年發現，盡管當時她的研
首張癌癥驅動突變圖譜繪成
新突變圖譜揭示關鍵癌癥基因的微小變化如何顯著改變腫瘤生長模式。圖片來源：美國《每日科學》網站癌癥驅動突變是指某些基因突變能直接推動正常細胞向癌細胞轉化。一個國際科研團隊繪制出全球首張完整的癌癥驅動突變圖譜，揭示了癌癥關鍵基因中數百種突變如何影響腫瘤生長。當與真實患者數據比對時，這張圖譜能準確預測癌癥
天然產物與生物來源圖譜數據庫NPBS－Atlas發布
據統計，超過50%的上市小分子藥物均直接或間接源自天然產物或其化學結構啟發。這些由植物、動物、微生物在億萬年進化中淬煉出的天然分子，擁有人工合成難以企及的復雜結構與強大生物活性，是創新藥物發現的源泉。近日，中國科學院上海有機化學研究所發布了天然產物與生物來源圖譜數據庫——NPBS Atlas。NPB
全球最大癌癥基因數據庫發布
美國國家癌癥研究所(NCI)科學家發布了有史以來規模最大的癌癥相關基因變異數據庫，為研究者們提供了迄今為止最全面的方式，搞清楚如何將治療藥物靶向疾病。 周一NCI在一份聲明中稱，基于基因組學研究的新數據庫，將對全球開放獲取，預計將有助于研究人員加快新藥的開發，同時能夠更
多物種轉錄圖譜綜合數據庫已對用戶免費開放
隨著高通量測序技術的發展，轉錄組測序（RNA-seq）已成為系統研究基因轉錄及轉錄后水平調控狀態的常規方法，并在多個物種中得到廣泛應用。海量轉錄組數據以前所未有的速度產生，以數據驅動為導向的大規模數據整合、挖掘與解析面臨挑戰。為更充分展現轉錄組數據蘊含的豐富信息，服務生物醫學基礎研究領域需求，構
癌癥eRNA表達圖譜并揭示其在癌癥臨床中的應用
2019年10月8日，德克薩斯大學休斯敦健康研究中心的韓冷、李文博課題組合作在Nature Communications上在線發表題為“Transcriptionallandscape and clinical utility of enhancer RNAs for eRNA-targeted
美基因圖譜研究將癌癥重新“歸類”
美國國家衛生研究院資助的科學家團隊完成大規模癌癥基因組圖譜繪制，他們根據基因變異和表達的相似性，提出可以按照分子類型給癌癥“歸類”。研究人員認為，這將為癌癥診斷和治療提供新思路。5日發表在美國《細胞》雜志上的研究，對33種癌癥、1萬多個腫瘤病例的基因、表觀遺傳和蛋白質組學變化進行分析，確認約30
Nature重要成果：繪制癌癥的全面分子圖譜
根據一項獲得美國國立衛生研究院(NIH)支持的新研究發現一種乳腺癌亞型與難治性高分級漿液性卵巢癌具有許多共同的遺傳特征。研究結果表明兩種癌癥具有相似的分子起源，這可能推動比較乳腺癌和卵巢癌亞型的治療學數據。 研究人員利用癌癥基因組圖譜(TCGA)生成的部分數據，根據來自825名乳腺癌患者樣
Nature重要成果：繪制癌癥的全面分子圖譜
根據一項獲得美國國立衛生研究院（NIH）支持的新研究發現一種乳腺癌亞型與難治性高分級漿液性卵巢癌具有許多共同的遺傳特征。研究結果表明兩種癌癥具有相似的分子起源，這可能推動比較乳腺癌和卵巢癌亞型的治療學數據。 研究人員利用癌癥基因組圖譜（TCGA）生成的部分數據，根據來自825名乳腺癌患者樣本的綜合
美基因圖譜研究將癌癥重新“歸類”
美國國家衛生研究院資助的科學家團隊完成大規模癌癥基因組圖譜繪制，他們根據基因變異和表達的相似性，提出可以按照分子類型給癌癥“歸類”。研究人員認為，這將為癌癥診斷和治療提供新思路。 ５日發表在美國《細胞》雜志上的研究，對３３種癌癥、１萬多個腫瘤病例的基因、表觀遺傳和蛋白質組學變化進行分析，確認約
Nucleic－Acid－Res：大數據庫助力癌癥藥物的開發
近日，來自英國癌癥研究所的研究人員通過研究表示，通過加入錯誤蛋白的3D結構，以及繪制癌癥交流的圖譜，就會為世界上最大的癌癥藥物數據庫帶來革命性的突破；最近更新的canSAR數據庫或將為英國及全球的科學家們提供機會來設計出更加高效的癌癥療法，相關研究刊登于國際雜志Nucleic Acid Rese
科研人員開發出分子序列組分動態圖譜數據庫CompoDynamics
生物體的核酸與蛋白質分子的序列組分及相關特征（如GC/AG含量、密碼子使用偏好、蛋白質物理化學性質等）對于研究基因功能和物種演化具有重要意義，是理解不同物種、不同基因家族以及不同功能基因之間差異的數據基礎。 近日，由中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）國家基因組科學數據中心開發的分子
透過大規模基因組分析推出－泛癌癥圖譜－開啟癌癥治療
【Technews科技新報】美國國立衛生研究院（NIH）資助的研究團隊已經完成了一份詳細的基因組分析，這個被稱為泛癌癥圖譜（PanCancer Atlas）的研究結果收錄了 27 篇論文，并包含了 33 種癌癥、1 萬多個種不同腫瘤分子和臨床訊息的數據資料。 泛癌癥圖譜主要是針對癌癥基因組
泛癌癥T細胞單細胞圖譜－相關成果發表
北京大學生物醫學前沿創新中心（BIOPIC）、生命科學學院、北京未來基因診斷高精尖創新中心（ICG）張澤民課題組聯合北京大學腫瘤醫院季加孚、步召德課題組以及北京大學第三醫院，在國際期刊Science上發表了題為“Pan-Cancer Single Cell Landscape of Tumor-
北京基因組所構建出多物種轉錄圖譜綜合數據庫
隨著高通量測序技術的發展，轉錄組測序（RNA-seq）已成為系統研究基因轉錄及轉錄后水平調控狀態的常規方法，并在多個物種中得到廣泛應用。海量轉錄組數據以前所未有的速度產生，以數據驅動為導向的大規模數據整合、挖掘與解析面臨挑戰。為更充分展現轉錄組數據蘊含的豐富信息，服務生物醫學基礎研究領域需求，構
Science重要成果：人類癌癥反轉錄轉座子圖譜
在人類基因組中，稱為反轉錄轉座子(retrotransposon)的小DNA元件通過自我復制和重新插入到基因組的多個位點從而具有造成突變性破壞的潛力。正常的成人細胞通過抑制機制阻止這些元件四處跳躍，然而根據發表在6月28日《科學》(Science)雜志上的一篇研究報道，這些機制在某些癌癥中可能發
全球癌癥基因組圖譜計劃又一研究突破
最近，發表在國際雜志the New England Journal of Medicine上的一篇研究論文中，來自從事癌癥基因組圖譜（The Cancer Genome Atlas）研究計劃的科學家通過進行研究，對第二種常見類型的腎癌的兩種類型進行了分子特性的分析，并且對這種常見類型的腎癌進行了
《Cell》：如何根據癌癥基因組圖譜分析腫瘤
時至今日，這一計劃已經取得了許多成果，最新Cell雜志公布了泛癌癥圖譜（Pan-Cancer Atlas），這也是癌癥基因組圖譜（TCGA）的收官項目，同期Cell雜志介紹了根據癌癥基因組圖譜分類的腫瘤類型列表，以及相關的一些主要發現（每種腫瘤類型的標記論文）。 生物通報道：2005年美國國立
研究人員繪制出首張兒童癌癥環狀DNA圖譜
隨著時間推移，癌癥的發生往往與DNA缺陷的逐漸積累有關，因此，癌癥通常會被認為是一種年齡相關的疾病，那么為何兒童也會患癌呢？近日，一項刊登在國際雜志Nature Genetics上的研究報告中，來自德國夏洛蒂—洪堡大學和柏林自由大學附屬醫學中心等機構的科學家們通過研究發現，染色體外環狀DNA或會
多國科學家將繪制人類癌癥基因圖譜
圖譜如果繪制成功，可望開辟癌癥個性化治療新時代 ?國際癌癥基因組協會將開展一項與人類基因組計劃具有同等重要意義的癌癥研究計劃，集世界各國和地區的科學家之力，繪制完整的人類癌癥基因圖譜。?該協會4月29日在英國倫敦正式成立，目前有英國、中國、美國、法國、印度、日本、新加坡、澳大利亞、加拿大和歐盟1
如何利用TCGA數據庫進行深度癌癥研究及發大牛文章？
玩轉數據庫，助你發牛文！ 癌癥研究究竟有多難？讓我們來捋一下基本思路：首先，要有一定數量的高質量腫瘤臨床樣本；其次……等一下，是不是在“首先”這一步就卡住了？癌癥研究中的高質量的腫瘤樣本不但要有切除適當的腫瘤瘤體和癌旁組織，還需要每個病人的各項病理指征、家族病史、治療手段、療效以及對病人不
如何利用TCGA數據庫進行深度癌癥研究及發大牛文章？
玩轉數據庫，助你發牛文！癌癥研究究竟有多難？讓我們來捋一下基本思路：首先，要有一定數量的高質量腫瘤臨床樣本；其次……等一下，是不是在“首先”這一步就卡住了？癌癥研究中的高質量的腫瘤樣本不但要有切除適當的腫瘤瘤體和癌旁組織，還需要每個病人的各項病理指征、家族病史、治療手段、療效以及對病人不間斷的隨訪信
中國科學家發表泛癌癥T細胞單細胞圖譜
T細胞單細胞圖譜的研究框架和主要發現。（張澤民供圖） 12月17日，北京大學生物醫學前沿創新中心教授張澤民課題組聯合北京大學腫瘤醫院季加孚、步召德課題組以及北京大學第三醫院，在《科學》上發表了泛癌癥T細胞圖譜。結合基因表達譜和T細胞受體序列，研究者系統刻畫了腫瘤浸潤性T細胞的異質性和動態變化，并系
《科學》：北大團隊發表泛癌癥T細胞單細胞圖譜
北京大學生物醫學前沿創新中心（BIOPIC）、生命科學學院、北京未來基因診斷高精尖創新中心（ICG）張澤民課題組聯合北京大學腫瘤醫院季加孚、步召德課題組以及北京大學第三醫院，在國際期刊Science上發表了題為“Pan-Cancer Single Cell Landscape of Tumor-
Cell：繪制轉移性癌癥的互作網絡圖譜
這一發表在8月4日《細胞》（Cell）雜志上的研究，是加州大學圣克魯斯分校和加州大學洛杉磯分校研究小組的合作成果。他們一開始從致命轉移前列腺癌患者尸體中獲得的臨床組織樣本入手，隨后完成了一系列復雜的分析以前所未有的細節確定了來自每位患者的癌細胞特征。對生成的數據集進行一種新穎的計算分析，繪制出