解讀單細胞RNAseq技術
多年來，跟蹤一個單細胞的轉錄組，超出了我們的能力。但是現在，時代已經變了，新的單細胞RNA-seq方法，可以分析大量的細胞及它們的命運 多年來，跟蹤一個單細胞的轉錄組，超出了我們的能力。但是現在，時代已經變了，新的單細胞RNA-seq方法，可以分析大量的細胞及它們的命運。 我們都參加過大型生日派對：在擁擠的房間里，與許多人聊天、吃飯和慶祝。但是，試想你并不知道壽星是誰，只是像一個局外者看待這個派對。你可能會覺得整個事件看起來與其他的生日派對沒有什么不同。然而，派對上的每個人都在壽星的生活故事里擔當獨特的角色。所以，如果不知道每位來賓和他們的角色，一個局外人可能就會做出錯誤的假設，或錯認聚會上的人。 復雜器官的細胞成分，有點類似于生日派對。細胞群體在特定的時刻聚在一起，執行關鍵的功能，形成一種器官。細胞亞群以不同的方式起作用，在特定的時間點履行專門的職責。（如同在聚會上，不同的人帶來禮物、吃食或幫助安排活動）。從技術的角度來......閱讀全文
單細胞轉錄組重要研究文獻匯總（二）
4.單細胞轉錄組測序在植物領域嶄露頭角相比動物的單細胞研究，由于植物具有細胞壁的特點，使得植物的單細胞研究相比較難，但是繼2月份的擬南芥根組織單細胞轉錄組學研究[8]，本月在《Developmental Cell》上又發表了一篇基于擬南芥根組織的單細胞轉錄組學研究報道[9]。來自德國圖賓根大學植
單細胞轉錄組重要研究文獻匯總（一）
1.單細胞測序用于生殖領域研究持續火熱精子生成過程是一個復雜又具有嚴格分化過程的生理過程，繼18年10月份《Cell Research》上的成年人睪丸轉錄組圖譜研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生與成年人睪丸細胞單細胞水平鑒定分類[2]的步伐，本月在《Nature
人類腦細胞的單細胞轉錄組測序研究成果
人腦是由多種不同類別細胞組成的極其復雜的器官。傳統的細胞分類方法只能根據少數已知的細胞的標記分子（marker）對細胞進行分類，對每一類細胞的認識也非常有限。斯坦福大學的著名學者Stephen Quake及其團隊利用單細胞測序技術，對466個人大腦皮層的單細胞進行了轉錄組測序，通過數據分析發
3月單細胞轉錄組重要研究文獻匯總
1.單細胞測序用于生殖領域研究持續火熱 精子生成過程是一個復雜又具有嚴格分化過程的生理過程，繼18年10月份《Cell Research》上的成年人睪丸轉錄組圖譜研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生與成年人睪丸細胞單細胞水平鑒定分類[2]的步伐，本月在《Nature
3月單細胞轉錄組重要研究文獻匯總
1.單細胞測序用于生殖領域研究持續火熱 精子生成過程是一個復雜又具有嚴格分化過程的生理過程，繼18年10月份《Cell Research》上的成年人睪丸轉錄組圖譜研究[1]和19年2月份《Cell Reports》上新生與成年人睪丸細胞單細胞水平鑒定分類[2]的步伐，本月在《Nature
單細胞轉錄組測序研究熱點和發文錦囊
從Top50期刊2000余篇文獻統計： 在剛剛發布的“十四五”規劃中，“基因與生物技術”作為前沿科技攻關領域之一。而在這個領域，近年來最具里程碑的技術突破必然不能忽略“單細胞轉錄組測序”。本文通過對PubMed數據庫中Top50期刊的共計2357篇單細胞轉錄組測序的引文進行數據分析，幫助讀者了
同濟大學發表單細胞轉錄組研究新成果
人類大腦是極為復雜的，數十億神經元形成的龐大網絡控制著我們的行為和情感。正因如此，解析神經回路的分子基礎并不是一件容易的事。過去人們大多是在一塊腦組織上進行遺傳學和表觀遺傳學圖譜分析，但這樣的方法往往無法提供足夠的精確性。 同濟大學醫學院的研究團隊將電生理學技術與單細胞轉錄組分析結合起來，揭示
效應性Treg細胞分化的轉錄調控研究中取得進展
調節性T細胞(Treg)是具有免疫抑制功能的T細胞，其主要的功能是抑制效應T細胞介導的免疫反應及維持機體的免疫耐受。效應性Treg只占次級淋巴器官和外周循環Treg細胞的較少一部分，大多數分布于各種組織臟器，效應性Treg是一群已經接受過抗原刺激、活化程度比較高且具有較強的免疫抑制功能的Treg
效應性Treg細胞分化的轉錄調控研究中取得進展
調節性T細胞(Treg)是具有免疫抑制功能的T細胞，其主要的功能是抑制效應T細胞介導的免疫反應及維持機體的免疫耐受。效應性Treg只占次級淋巴器官和外周循環Treg細胞的較少一部分，大多數分布于各種組織臟器，效應性Treg是一群已經接受過抗原刺激、活化程度比較高且具有較強的免疫抑制功能的Treg
效應性Treg細胞分化的轉錄調控研究中取得進展
調節性T細胞(Treg)是具有免疫抑制功能的T細胞，其主要的功能是抑制效應T細胞介導的免疫反應及維持機體的免疫耐受。效應性Treg只占次級淋巴器官和外周循環Treg細胞的較少一部分，大多數分布于各種組織臟器，效應性Treg是一群已經接受過抗原刺激、活化程度比較高且具有較強的免疫抑制功能的Treg
研究人員繪制七鰓鰻單細胞轉錄組圖譜
雷氏七鰓鰻作為現存的無頜脊椎動物代表，是一種由無脊椎動物向脊椎動物進化的過渡類型，被視為研究脊椎動物演化的重要模式生物。近日，華大生命科學研究院聯合遼寧師范大學七鰓鰻研究中心等單位在《自然—通訊》發表最新研究成果，團隊基于華大自主研發的DNBelab C4和 DNBSEQ測序平臺，采用單細胞RNA測
研究成果：靈長類海馬衰老的單細胞轉錄組圖譜繪制
海馬體作為腦的重要組成部分，在學習和記憶中發揮重要作用。隨著年齡增長，海馬功能逐漸退化，導致認知功能的減退以及多種人類神經退行性疾病發生。由于海馬結構復雜，細胞組成具有高度異質性，傳統研究技術難以精確揭示海馬衰老過程中不同細胞類型的衰老規律及分子調控網絡。此外，由于倫理及樣本來源的限制，不同年齡
研究發現小鼠和人類樹突細胞異質性的轉錄基礎
近日，美國紀念斯隆-凱特琳癌癥中心等科研機構的科研人員在Cell上發表了題為“Transcriptional Basis of Mouse and Human Dendritic Cell Heterogeneity”的文章，發現小鼠和人類樹突細胞異質性的轉錄基礎。 樹突細胞（dendriti
Nature子刊發布單細胞轉錄組開創性研究成果
來自蘇黎世大學的生物學家們開發出了一種可在單細胞中顯像基因活性的新方法。這種方法如此的高效，從而使得研究人員第一次在1萬個人類單細胞中平行研究了 1000種基因，揭示出基因的活性和生成的轉錄分子的空間結構在單細胞之間存在顯著差異。這一新方法可廣泛應用于基礎研究和醫學診斷等領域。 當細胞
日找到控制細胞分化轉錄因子
日本理化研究所4月20日發表新聞公報說，該所研究人員與文部科學省項目小組通過大規模數據分析，找到一群控制細胞分化狀態的轉錄因子，并解開了其中的具體機制。 公報說，研究人員以白血病患者的人體免疫細胞株THP—1為研究對象，借助先進的基因測序技術，按細胞分化過程中不同時間段收集它們從原單核細胞
原核細胞的RNA轉錄過程
原核細胞的RNA轉錄：原核細胞的RNA聚合酶全酶(a2Bβ'σ)是由4條多肽鏈組成的核心酶加σ因子構成轉錄過程可劃分為開始、延伸和終止三個階段。①開始：σ因子識別DNA分子上的啟動子并與之結合，將DNA雙鏈局部解開，RNA合成開始，σ因子與核心酶分離。②延伸：RNA聚合酶沿模板鏈向前移動，使
玉米單細胞轉錄組測序，11種細胞類型
近日，廣東省科學院南繁種業研究所生物育種研究室在玉米單細胞轉錄組測序研究方面取得新進展。相關研究在線發表于《作物學報》（The Crop Journal）。廣東省科學院南繁種業研究所李旭輝博士為該論文第一作者，齊永文研究員為通訊作者。玉米是全球重要的糧食和能源作物，而其產量形成的基礎依賴其特殊的根系
單細胞轉錄組高級分析之細胞譜系分析
基于單細胞轉錄組數據的細胞軌跡分析常見形式有細胞變化軌跡分析和細胞譜系分析，在上一篇中，我們詳細介紹了常規擬時間序列分析的相關內容（具體內容查看鏈接）。在這里，我們主要就細胞譜系分析進行介紹和解讀。細胞譜系分析，最簡明的理解就是細胞領域的進化樹，通常指的是某類祖源細胞，在特定條件下，有多個發育軌跡和
空間轉錄組和單細胞轉錄組測序聯合應用的典型案例
單細胞轉錄組測序技術的如火如荼，伴隨著空間轉錄組測序技術的蓬勃發展，可以看到，在現有的高通量檢測技術領域，這兩種技術已為科學研究的發展提供了前所未有的技術支撐。從2019年單細胞多組學被評為《Nature Methods》年度技術進展，到2020年空間轉錄組技術也被評為年度技術進展，相信在接
研究揭示轉錄后調控的體細胞同義突變在癌癥中的作用
1月17日，中國科學院北京生命科學研究院孫中生團隊與北京大學腫瘤醫院合作在國際學術期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）發表了題為Prevalence and architecture of posttranscriptionally impaired synonymo
研究發現自然殺傷細胞促進胚胎發育的轉錄調控新機制
中國科學技術大學免疫學研究所教授魏海明、傅斌清和田志剛課題組合作研究發現，蛻膜自然殺傷細胞（NK細胞）高表達轉錄因子PBX1，能夠增強生長因子轉錄，促進胚胎發育；NK 細胞 PBX1 功能異常與不明原因復發性流產病因存在相關性。研究成果于4月1日以PBX1 Expression in Uteri
研究開發單細胞空間轉錄組數據分析可視化平臺
單細胞測序技術是一種在單細胞水平上對基因組、轉錄組、表觀組等進行高通量測序分析的技術。單細胞測序技術能夠在組學水平揭示細胞間的異質性。單細胞水平細胞譜系追蹤技術位居2018年Science 雜志評選的十大科學突破之首。常規單細胞轉錄組測序技術丟失了細胞在原組織中至關重要的空間位置信息，而單細胞空
生化與細胞所研究發現轉錄中介體復合物的新功能
《細胞》子刊《分子細胞》(Molecular Cell)雜志于1月19日在線發表了中國科學院上海生科院生化與細胞所王綱研究組、惠靜毅研究組和美國新澤西醫科大學的田斌研究組合作的一項最新研究成果。該工作發現了中介體復合物（Mediator Complex）在調控mRNA可變加工中的重要作
研究發現RNA測序新方法：檢測亞細胞水平轉錄組空間分布
斯坦福大學研究團隊在RNA測序方面取得突破性進展，發明了一種亞細胞水平轉錄組空間分布的RNA測序新方法，研究論文于近日在線發表于國際期刊Cell，論文標題為“Atlas of subcellular RNA localization revealed by APEX-Seq”。 該研究發明了一
單細胞轉錄組制備儀的功能
fluidigm C1 單細胞自動制備儀用于 mRNA 測序 更完整的流程 ?-首尾相連的流程對單細胞進行全轉錄組分析 最高的通量 ?-每次運行可前所未有的平行處理 96 個單細胞 更容易的操作 ?-直接從單細胞開始，簡化的樣本制備，只需 3 小時手工操作時間，沒有 片段化和純化步驟 更節省的成
角朊細胞的其他轉錄因子介紹
K17基因的上游啟動子中有γ干擾素激活的STAT因子的結合位點，被稱為γ干擾素活化序列（GAS），在皮膚發生遲發型接觸性過敏時，STAT-91可轉位至角朊細胞核內與啟動子中的GAS元件結合而激活K17的表達[8]。兔K3基因的5’上游序列中則有NFκB的結合位點（5’GGGCTTTCC-3’），
T細胞基因的轉錄激活及其表達
? TCR/CD3復合物與配體結合后，經多種信號轉導途徑傳遞信號，最終導致T細胞活化和增殖。信號轉導中所涉及的基因根據其活化時間可以分為早早期、早期、晚期基因三種類型（表8-5)。早早期基因的轉錄不需蛋白的合成，而早期及晚期基因的轉錄則需蛋白的合成。早早期及早期基因轉錄在有絲分裂期之前，而晚期基因轉
研究揭示人胚胎發育轉錄組
原始態（Na?ve state）多能性相關研究是近年來干細胞及重編程領域的研究熱點和難點，與傳統的primed狀態相比，Na?ve態捕獲了體內植入前胚胎發育的階段，具有更強的可塑性，在早期胚胎發育研究及未來臨床應用中具有更廣闊的前景。在近10年的研究中，科學家們取得了一系列重要進展，已建立了較為
中國科大基因轉錄調控研究取得進展
近日，中國科學技術大學生命科學學院教授單革實驗室研究發現，秀麗線蟲中兩個高度保守的轉錄因子UNC-30和UNC-55，共調控包括cAMP通路、微小RNA（microRNA）和長鏈非編碼RNA（lncRNA）等在內的數以千計的靶基因的表達，從而調控D型運動神經元的發育和可塑性。研究論文近日發表在《
研究發現植物位置與轉錄調控有關
奧地利科學院Magnus Nordborg和Yoav Voichek共同合作，近期取得重要工作進展。他們研究提出，植物中廣泛存在的位置依賴性轉錄調控序列。相關研究成果2024年9月12日在線發表于《自然—遺傳學》雜志上。 據介紹，人們對真核轉錄的了解大多來自動物和酵母，然而，植物分別演化了十億