巧用單細胞測序解析生發過程的深層次調控機制（二）
圖2 單細胞測序結果tSNE細胞分類結果為進行更加精細的分類，研究人員對由巨噬細胞marker表達的細胞進行了重新分類，共產生7個新的分類亞群。這些巨噬細胞簇顯示出相對均一的CD68表達，但相對于經典炎癥和抗炎標記物是異質的。其中，Cluster 3主要表達抗炎癥marker Mrc2(CD206)和CD163，而Cluster 0和1主要表達炎癥marker IL-1b和MHC II（H2-Ab1）。值得注意的是，OSM主要局限性地在新分類中的Cluster 6中表達。8. 產生OSM的巨噬細胞是TREM2+且有著獨特的基因表達譜通過對每個cluster中的顯著上調基因進行聚類，可以發現Cluster 6 細胞和“M2-like”的Cluster3表達模式很相似。有意思的是，這兩類細胞可以用TREM2 marker區分來開，TREM2特異性地在生產OSM的Cluster 6中表達。利用在線資源Enrichr對clust......閱讀全文
巧用單細胞測序解析生發過程的深層次調控機制（二）
圖2 單細胞測序結果tSNE細胞分類結果為進行更加精細的分類，研究人員對由巨噬細胞marker表達的細胞進行了重新分類，共產生7個新的分類亞群。這些巨噬細胞簇顯示出相對均一的CD68表達，但相對于經典炎癥和抗炎標記物是異質的。其中，Cluster 3主要表達抗炎癥marker Mrc2(CD20
巧用單細胞測序解析生發過程的深層次調控機制（一）
單細胞轉錄組測序是這兩年來非常流行的高通量組學研究工具，然而，是不是所有的研究都適合用該方法？是不是所有的問題都可以通過該方法來解釋？這是一個值得探討的問題。從現有的研究報道來說，單細胞轉錄組學研究很好地解決了細胞圖譜，發育過程等重要的生物學問題。但是在相對比較傳統的研究方向，是否也能利用單細胞轉錄
Cell－Stem－Cell巧用單細胞測序解析生發過程深層次調控機制
單細胞轉錄組測序是這兩年來非常流行的高通量組學研究工具，然而，是不是所有的研究都適合用該方法？是不是所有的問題都可以通過該方法來解釋？這是一個值得探討的問題。從現有的研究報道來說，單細胞轉錄組學研究很好地解決了細胞圖譜，發育過程等重要的生物學問題。但是在相對比較傳統的研究方向，是否也能利用單細胞
測序解析miRNA調控害蟲發育機制
小菜蛾（Plutella xylostella）是全球范圍內嚴重危害十字花科作物生長的鱗翅目害蟲，據估計每年造成的損失和防治成本達到40-50億美元。最近的轉錄組分析和基因組測序為了解小菜蛾適應環境脅迫的分子機制提供了一個極好的機會。盡管Etebari等1發現了在寄生脅迫下二齡幼蟲中的一組miRNA
中國農大:測序解析miRNA調控害蟲發育機制
小菜蛾（Plutella xylostella）是全球范圍內嚴重危害十字花科作物生長的鱗翅目害蟲，據估計每年造成的損失和防治成本達到40-50億美元。最近的轉錄組分析和基因組測序為了解小菜蛾適應環境脅迫的分子機制提供了一個極好的機會。盡管Etebari等1發現了在寄生脅迫下二齡幼
利用單細胞測序,科學家解析人胚胎脊髓發育過程
脊髓是外周系統與大腦間信號傳遞的橋梁。脊髓背角介導著外周感受信號，而腹側對于運動功能的執行至關重要，同時也是低級反射的中樞。作為一種高度有序的中樞組織，脊髓由多種不同的細胞類型有序發育形成。雖然脊髓的發育在嚙齒類動物中已進行了一系列的研究，但對人類脊髓發育過程了解較少。 中國科學院遺傳與發育生
美科院院士解析DNA復制過程調控機制
這是一個自然奇觀：增殖細胞能夠精確地復制自己的遺傳物質，一次且只有一次，當分裂成兩個子細胞時，從空間上分離所得的兩套染色體。在我們的一生當中，僅有在我們的血液系統中，每分鐘就有約5億個細胞在骨髓中出生。在這些細胞的每一個細胞當中，染色體中的DNA必須準確地復制，然后在它們分裂時均勻地分配到子細胞
全轉錄組測序技術揭示circRNA新的調控機制（二）
3. 環狀RNA的差異表達與前列腺癌的進展有關研究者對144個前列腺癌進行了聚類分析，與線性RNA相比，環狀RNA最強模式與它們在每個樣本中的總體豐度相一致。另外，極端circRNA分布的患者的預后明顯較circRNA分布穩定的患者差，同時極端circRNA index組也與更高的轉移發生率
解析了C類GPCR二聚化的功能調控機制
代謝型谷氨酸受體（mGlu）屬于C類G蛋白偶聯受體（GPCR）家族，是人體內最重要的神經遞質受體之一。目前在人體內共發現了8種代謝型谷氨酸受體（mGlu1-8），其功能涉及學習、記憶、情緒以及疼痛感知等，是阿爾茲海默癥和精神分裂癥等疾病的治療靶點。 然而，迄今尚無靶向這類受體的藥物成功上市，因
通過單細胞測序解析體細胞重編程路徑
隨著單細胞技術日新月異的發展和應用，準確有效地解讀數據提供的信息尤為重要。這項研究提供了利用單細胞測序數據研究細胞命運動態變化的新方法，通過發現細胞命運分支的產生，找到影響分支產生的原因，更好的實現對生理或病理條件下細胞命運變化理解，實現控制細胞命運變化的目標。 體細胞重編程是研究細胞命運轉
利用單細胞測序，揭示水稻受精過程中DNA甲基化機制
DNA甲基化是一種重要的表觀遺傳修飾，對于維持基因組穩定、抑制轉座子和調控基因表達發揮著重要作用。同時DNA 甲基化的動態變化對于個體發育過程具有非常重要的意義。受精作用是有性生殖生物生命周期的開端，在該過程配子基因組通常會經歷染色質的動態變化。大量研究表明哺乳動物早期胚胎發育過程中，親代染色質
單細胞測序技術的技術特點
單細胞測序技術是一種在單個細胞水平上對基因組、轉錄組、表觀遺傳組等進行高通量測序分析的技術。??它具有以下幾個重要特點和優勢：??1. 揭示細胞異質性：能夠發現細胞群體中不同細胞之間的細微差異，識別罕見細胞類型和細胞的不同狀態。?2. 深入了解細胞發育和分化：追蹤細胞從干細胞到成熟細胞的發育軌跡，揭
時空分辨單細胞測序技術和傳統單細胞測序技術的區別
時空分辨單細胞測序技術和傳統單細胞測序技術主要有以下區別：空間信息獲取傳統單細胞測序：通常無法獲取細胞在組織中的空間位置信息，只是對分離出的單細胞進行獨立分析。時空分辨單細胞測序：能夠在測定單細胞基因表達等信息的同時，明確細胞在原始組織中的具體空間位置。細胞互作研究傳統單細胞測序：難以直觀地揭示基于
Cell：單細胞測序深度解析三陰乳腺癌
美國MD安德森癌癥中心聯合瑞典卡羅林斯卡學院的研究人員利用單細胞測序對三陰乳腺癌展開分析，表明耐藥性是來源于現有的帶有基因突變的克隆。這些結果于周四發表在《Cell》雜志上，將對這種癌癥的診斷、預后和治療具有臨床意義。 三陰乳腺癌是指雌激素受體、孕激素受體和原癌基因Her-2均為陰性的乳腺癌。
單細胞測序技術(single－cell－sequencing)－綜述（二）
DroNC-seq10月，Broad研究所張鋒教授團隊在Nature Methods上發表題為“Massively Parallel Single-Nucleus RNA-Seq with DroNc-Seq (doi: 10.1038/nmeth.4407)” 的文章，提出了一個新的測
單細胞多組學高通量測序平臺（二）
雖然single-cell sequencing的方法仍在不斷推出，但是目前使用最為廣泛、商業化成熟的方法仍是10×Genomics公司推出的ChromiumTM系統。1.2以RNA-seq為例介紹高通量單細胞測序技術單細胞測序的最主要難點是如何在短時間內分離得到最可能多的單個細胞，早期的技術代表F
Cell解析蛋白質翻譯調控機制
一個細胞的內部運作涉及到不計其數的單個分子，它們參與到重復循環的相互作用之中來維持生命。蛋白質形成就是這種生命活動的基礎。 賓夕法尼亞大學的Joshua B. Plotkin教授說，由于蛋白質是細胞功能的基礎構件，科學家們一直以來對于細胞生成蛋白質的機制都極其地感興趣。 “蛋白質
Nature新文章解析小RNA調控機制
來自波士頓兒童醫院和哈佛大學醫學院的研究人員，在新研究中揭示了在Lin28介導的let-7選擇性調控中起關鍵作用的一種核酸酶，相關論文“A role for the Perlman syndrome exonuclease Dis3l2 in the Lin28–let-7 pathwa
單細胞測序技術在腫瘤研究中的發展趨勢
單細胞測序技術在腫瘤研究中的發展趨勢包括以下幾個方面：多組學整合分析不僅局限于對腫瘤細胞的基因組和轉錄組測序，還將結合表觀基因組、蛋白質組、代謝組等多組學數據，更全面地揭示腫瘤細胞的特征和調控機制。更高的分辨率和精度不斷改進技術，以檢測更微量的核酸物質，更準確地識別低頻突變和罕見的細胞亞群，提高對腫
單細胞基因組測序：從實驗到分析，步步解析
隨著生命科學研究的微觀化，基于細胞群體的研究方法已不適用于某些研究領域（如腫瘤異質性、早期胚胎發育等）。單細胞基因組測序通過在單個細胞水平上進行測序，解決了用組織樣本無法獲得不同細胞間的異質性信息或樣本量太少無法進行常規測序的難題，為科學家研究單個細胞的行為、機制等提供了新的方向。【應用概覽】從20
時空分辨單細胞測序技術與其他單細胞測序技術的差異
時空分辨單細胞測序技術與其他單細胞測序技術主要在以下方面存在區別：空間信息獲取普通單細胞測序技術：通常不提供細胞在原始組織中的空間位置信息。時空分辨單細胞測序技術：能夠同時獲取細胞的基因表達等信息以及它們在組織內的空間位置。細胞間相互作用分析普通單細胞測序技術：難以直接推斷細胞間基于空間位置的相互作
單細胞測序的重要性及應用方向（二）
3 在神經科學中的應用單細胞測序技術幫助科學家更深入的了解大腦神經細胞。2017年，Salk生物研究所領導的團隊根據甲基化和調控特征，區分小鼠和人類大腦樣本中的神經元亞型，并鑒定出人類額葉皮質中一組新的神經元[6]。研究人員利用單細胞甲基化測序分析小鼠和人類額葉皮質樣本中近6200個神經元，并根據甲
測序與芯片揭示miRNA調控海參夏眠機制
海參（Apostichopus japonicus），是生活在海邊至海底8000米的海洋棘皮動物，以海底藻類和浮游生物為食。當夏季來臨，上層海水由于太陽光強烈照射，溫度上升。此時，海底的小生物都浮到海面，進行一年一度的大量求食和繁殖。而留在海底的海參，迫于夏季食物中斷，進入夏眠，此時，其基礎代謝率明
我國科研團隊解析調控番茄形態的分子機制
14日，記者從華中農業大學獲悉，該校園藝林學學院、果蔬園藝作物種質創新與利用全國重點實驗室、湖北洪山實驗室王鵬蔚團隊，研究發現SlMAP70-SlIQD21a/SUN10模塊協同作用通過影響微管骨架動力學功能調控番茄果實形態建成，為未來通過基因工程手段定向改良番茄果實外觀品質提供了重要理論基礎。
我國科研團隊解析調控番茄形態的分子機制
14日，記者從華中農業大學獲悉，該校園藝林學學院、果蔬園藝作物種質創新與利用全國重點實驗室、湖北洪山實驗室王鵬蔚團隊，研究發現SlMAP70-SlIQD21a/SUN10模塊協同作用通過影響微管骨架動力學功能調控番茄果實形態建成，為未來通過基因工程手段定向改良番茄果實外觀品質提供了重要理論基礎。
解析小麥多倍化的表觀遺傳調控分子機制
近日，南京農業大學農學院教授宋慶鑫課題組在《基因組生物學》（Genome Biology）上發表了研究論文。該研究利用OCEAN-C技術繪制了不同倍性小麥的開放染色質互作圖譜，并整合了染色質可及性、組蛋白修飾和轉錄組，深入解析了六倍體小麥多倍化過程中開放元件遠距離互作調控基因表達的分子機制。
我國科研團隊解析調控番茄形態的分子機制
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/9/508480.shtm14日，記者從華中農業大學獲悉，該校園藝林學學院、果蔬園藝作物種質創新與利用全國重點實驗室、湖北洪山實驗室王鵬蔚團隊，研究發現SlMAP70-SlIQD21a/SUN10模塊協同作用通
復旦大學揭示結腸癌發生發展調控新機制
復旦大學生物醫學研究院分子與細胞生物學研究室研究人員揭示了調節血管收縮的細胞因子內皮素通過下游Hippo-YAP/TAZ信號通路對結腸癌發生發展的重要調控作用。相關成果日前發表于《癌癥研究》。 結腸癌病例和細胞中都高表達了內皮素受體ETAR，內皮素與其GPCR家族的內皮素受體組成的信號通路可促
復旦大學揭示結腸癌發生發展調控新機制
復旦大學生物醫學研究院分子與細胞生物學研究室科學家揭示了調節血管收縮的細胞因子內皮素通過下游Hippo-YAP/TAZ信號通路對結腸癌發生發展的重要調控作用。相關研究成果日前發表于《癌癥研究》（Cancer Research）雜志。 結腸癌是一種結腸組織的惡性腫瘤，結腸癌經常與直腸癌并發因此并
中科院CellRes解析Hippo信號調控機制
來自中科院上海生命科學研究院的研究人員發現了轉錄因子Scalloped(Sd)的一個新型結合蛋白，證實它通過對抗Scalloped-Yorkie活性調控了Hippo信號，這一研究發現發表在9月3日的《細胞研究》(Cell Research)雜志上。 上海生命科學研究院的張雷(Lei Z